A. Program Pengembangan Pesantren
Untuk mengembangkan dan memajukan pesantren lebih lanjut maka PPRU telah merumuskan kebijakan-kebijakan yang dituangkan dalam langkah strategi dan program berikut :
1. Peningkatan dan pengembangan kualitas serta optimalisasi pemberdayaan Sumber Daya Insani (SDI).
2. Peningkatan dan pengendalian mutu pendidikan pesantren.
3. Peningkatan kepedulian dan dukungan keluarga besar pesantren, masyarakat dan pemerintah dalam penyelenggaraan pendidikan.
4. Peningkatan sarana dan prasarana pendukung pendidikan.
5. Peningkatan sumber dana pesantren.
B. Program Unggulan Pesantren
Program unggulan Pondok Pesantren Raudhatul Ulum Sakatiga tercermin pada hal-hal berikut :
1. Kurikulum terpadu yang selalu dimodifikasi dan dikembangkan sejalan dengan kemajuan zaman guna mencapai kualitas pendidikan yang baik dengan mutu kelulusan yang mempunyai daya saing yang tinggi.
2. Santri/wati yang terkonsentrasi 24 jam berada dalam lingkungan kampus yang Islami, dibina dan diasuh dengan sistem pendidikan yang terpadu, sehingga dapat mendorong lahirnya santri yang sholihin dan sholihat.
3. Guru dan karyawan yang memiliki dedikasi yang tinggi, profesional dan mempunyai integritas moral yang baik.
4. Iklim kehidupan warganya yang terbangun dan diwarnai oleh komitmen perjuangan dan loyalitas tinggi.
5. Program dakwah yang integrated sehingga PPRU berperan sebagai pusat Dakwah Islamiyah yang kontributif dalam membangun kehidupan keberagamaan masyarakat.
6. Penghargaan yang tinggi dan proporsional terhadap santri/wati yang berprestasi, baik dalam Tahfizhul Qur’an maupun bidang lainnya.
7. Penggunaan bahasa Arab dan bahasa Inggris sebagai bahasa resmi pesantren.
8. Peserta didik wajib untuk menguasai ilmu komputer dan internet (ITC).